1840년 프랑스 파리에서 이탈리아인 아버지와 프랑스인 어머니 사이에서 태어났다. 1858년 파리에서 생루이 고등학교를 졸업했고, 1862년부터 출판사에 근무하면서 첫 단편집 <니농에게 주는 이야기>를 출간해 소설가로서의 역량을 인정받았다.

19세기 후반 프라스에서 유행한 과학적 결정론은 졸라의 자연주의 문학 이론 형성에 중요한 영향을 끼쳤다. 그는 이 과학적 결정론을 기반으로 인간의 본성이 유전과 환경에 의해 결정된다는 신념을 가지게 되었다. 이는 소설 속 인물 통한 임상실험에서 얻은 결과로 인간의 불행과 나약함의 원인을 밝혀낼 수 있다는 생각으로 이어져 1871년 <루공 – 마카르 가의 사람들> 시리즈를 출간하기에 이른다.

20권으로 이루어진 이 시리즈의 부제는 ‘제2제정하의 한 가족의 자연적.사회적 역사’로서 유전론과 환경결정론을 중심으로 한 졸라의 자연주의적 사고방식이 잘 드러나 있다. 또한 이 시리즈는 상류 사회의 삶만을 다루던 당대의 다른 작품과 달리 서민의 생활을 서민의 언어로 생생하게 담아냄으로써 대단한 인기를 얻었다. 뿐만 아니라 민중을 상류 계층과 대등한 위치로 끌어올린 최초의 소설가로 자리매김하게 되었다.

이러한 문학적 역량을 바탕으로 1880년 자신의 자연주의 문학 이론을 더욱 공고히 하는 <실험소설>을 출간했다. 이 책을 통해 과학적 결정론에 근거한 그의 작품이 기록문학에 불과하다는 비판을 정면으로 반박하며 자연주의 소설의 이론적 토대를 마련했다. 1902년 생을 마쳤다.