1960년 미국 디트로이트에서 소아시아 출신의 그리스계 이민 2세인 아버지와 영국-아일랜드계 어머니의 셋째 아들로 태어났다. 브라운 대학교를 우등으로 졸업하고 1986년 스탠퍼드 대학교에서 영문학과 문예 창작으로 석사 학위를 받았다. 2년 후인 1988년 첫 단편집을 출간했다. 1991년 권위 있는 문예 계간지 《더 패리스 리뷰 The Paris Review》에 『처녀들, 자살하다』의 일부를 발표해, 그해 그 잡지에 실렸던 단편소설 중 최고의 작품에 수여하는 아가 칸 상(Aga Khan Prize)을 받았다. 첫 장편소설 『처녀들, 자살하다』는 1993년 출간 즉시 베스트셀러가 되었고 미국 도서관 협회(ALA)에 의해 ‘올해의 책’으로 선정되었으며 지금까지 25개 이상의 언어로 번역되었다. 또한 이 작품으로 유제니디스는 1993년 화이팅 작가 상(Whiting Writers’ Award), 1995년 해럴드 D. 버셀 기념상(Harold D. Vursell Memorial Award)을 수상하였으며, 구겐하임 재단과 전미 예술 재단의 지원금을 받기도 했다. 1999년에는 이 작품을 원작으로 소피아 코폴라 감독, 커스틴 던스트 주연의 영화가 제작되기도 했다. 2002년에 발표한 두 번째 장편소설 『미들섹스』로 2003년도 퓰리처상을 수상했다. 현재 그는 아내와 딸과 함께 시카고에 살고 있으며, 2007년 가을부터 프린스턴 대학교에서 문예 창작을 강의할 예정이다.