1940년 7월 31일 스위스 취리히에서 태어났다. 스위스의 외딴 산골 지방을 전전하며 자라야 했던 유년기의 기억은 훗날 그녀 작품의 원천이 되었다. 로마에 정착한 뒤 그녀는 오스트리아의 대표적인 여성 작가 잉게보르크 바흐만과 깊은 우정을 나누었고, 토마스 베른하르트 등 당대 주요 작가들과 어울렸다. 1968년 이애기는 작가이자 편집자인 로베르토 칼라소와 결혼하였고, 밀라노로 이주해 데뷔작 『손가락을 입에 물고』를 발표했다. 그 후 『수호천사』, 『물의 형상』 등 여러 작품을 발표해 오다가, 1989년 아름다우면서도 위태로운 10대 소녀의 감성을 그린 『아름다운 나날』을 세상에 선보였다. 이 작품으로 그녀는 이탈리아의 가장 오래되고 권위 있는 문학상인 바구타 상과 유럽 보카치오 상을 수상하면서 문단의 주목을 받는 작가로 성장했다. 또한 『하늘의 두려움』으로 모라비아 상을, 『프롤레테르카 호』로 바일라테 알데리고 살라 상, 비아레조 상 등을 수상했으며, 특히 이 작품은 수전 손택이 심사하고 《타임》이 뽑은 2003 올해의 책에 선정되었다.
천부적인 글쓰기 감각과 섬세한 감수성으로 지독한 고독감을 역설적인 아름다움으로 그려 내는 이애기는, 마르셀 슈보브, 토머스 드퀸시의 작품을 번역하거나, 로버트 발저에 대한 평론을 쓰기도 했으며, 그 외에도 희곡 작가나 작사가로 활약했다. 작가이자 평론가, 번역자 등 문단의 다양한 영역을 종횡무진 넘나들며 이탈리아어 문학에 기여해 온 플뢰르 이애기는 이 시대에 꼭 기억할 만한 여성 작가다.