1942년 콜롬비아 메데인에서 태어났다. 보고타의 콜롬비아 국립대학교와 로스 안데스 대학교에서 철학과 문학을 일 년간 공부하고, 하베리아나 대학교로 옮겨 생물학을 공부했다. 대학 졸업 후 이탈리아의 치네치타 영화 아카데미에 들어가 영화 연출에 대한 기초를 배웠다. 그 후 콜롬비아의 폭력에 관한 세 편의 영화를 제작하고 연출했다. 1971년부터 멕시코에 머물며 소설을 집필하기 시작했고, 콜롬비아의 사회 문제를 고발하는 ‘시간의 강’ 5부작(1985~1993)을 펴냈다. 1994년 대표작 『청부 살인자의 성모』를 발표했다. 2000년 바예호가 시나리오를 쓴 동명의 영화가 제작되어 평론가들의 호평을 받기도 했다. 장편 소설 『나락』(2001)으로 2003년 스페인어권 문학계에서 최고 권위를 가진 로물로 가예고스 상을 수상했다. 2007년 멕시코의 시민권을 획득했다. 2011년 로망스어 FIL 문학상을 수상했다. 『시장 내 동생』(2004), 『미녀 카사블랑카』(2013), 『개자식의 기억』(2019) 등의 소설과 더불어 에세이, 전기, 언어학 연구서 등을 꾸준히 발표했다. 2018년 사십칠 년간의 멕시코 생활을 청산하고 콜롬비아로 귀국했다. 동물 권리의 향상과 채식 운동 등에 끊임없이 목소리를 내며 사회 활동을 지속하고 있다.