1840년 파리에서 태어났다. 일곱 살 때 아버지를 여의고 엑상프로방스에서 어머니와 함께 궁핍한 시절을 보냈다. 1858년 파리로 이주하여 생루이 고등학교에 편입했다. 대학입학자격고사에 실패한 후 학업을 포기하고 1862년 아셰트 출판사에 들어가 일하면서 소설가, 기자 들과 친분을 쌓았다. 1867년 자연주의 경향의 소설 『테레즈 라캥』으로 첫 성공을 거두었다. 생리학, 유전학, 사회학 등 실증 과학의 영향을 받아 자연주의 문학론, 실험 소설론 등을 주창하며 자연주의 문학의 수장이 되었다. 한 가족사를 통해 제2제정기의 역사적 벽화를 그리는 ‘루공 마카르 총서’를 계획하여 1871년부터 1893년까지 전 20권을 출간했다. 졸라의 주요 작품 중 하나인 『목로주점』이 서민층과 빈민층의 삶을 본격적으로 묘사한 최초의 소설이라면 『제르미날』은 노동자가 주인공인 최초의 소설로서 졸라 최고 걸작으로 꼽힌다. 이 작품은 프랑스 북부 탄광의 파업을 소재로 노동과 자본의 대립 관계와 계급 투쟁을 탁월하게 그려냈다. 졸라는 평생 사회 정의를 제일의 가치로 삼았다. 간첩 누명을 쓴 유대계 장교 드레퓌스 대위를 변호하기 위해 대통령에게 보내는 「나는 고발한다」(1898)라는 글을 발표하여 궁극적으로 그의 복권을 이루어 냄으로써 행동하는 지성인의 표상이 되었다. ‘루공 마카르 총서’를 완간한 후에도 계속해서 다른 연작 시리즈를 발표하던 그는 1902년 원인 불명의 가스 중독 사고로 사망했다. 1908년 그의 유해가 몽마르트르 묘지에서 위인들을 기리는 팡테옹으로 이장되었다.