1956년 스페인 안달루시아의 시골 마을 하엔에서 태어났다. 그라나다 대학교에 입학해 예술사를 전공했고, 후에 마드리드 대학교에서 언론학을 공부하였다. 1988년까지 그라나다 시청에서 공무원으로 일했는데, 그동안 일간지 《이데알》에 연재한 칼럼들을 모아 자신의 첫 책 『도시의 로빈슨』을 출간했다.
10여 년에 걸쳐 1986년 첫 장편소설 『베아투스 일레』를 완성하고 그다음 해에 『리스본의 겨울』을 발표한다. 이 작품으로 그는 새로운 소설에 목말라하던 젊은 독자들의 뜨거운 관심을 받으며, 일약 유명 작가가 되었다. 1991년 작 『폴란드 기병』은 프랑코 사후의 최대 성공작이라고도 평가받는 등, 무뇨스 몰리나는 발표하는 작품마다 연달아 대중과 평단의 뜨거운 반응을 불러일으키면서 세르반테스의 황금시대 이후 ‘소설의 제2전성기’라고 불리던 당시 스페인 문학계의 대표 작가로 자리매김했다.
그의 작품 속에는 영화와 음악에 대한 그의 애정이 녹아 있으며 그 때문인지 몇몇 작품은 영화와 음악으로 만들어지기도 했다. 『리스본의 겨울』 또한 감각적인 영화감독 호세 소리야와 재즈의 거장 디지 길레스피의 손으로 재탄생되었다.
젊은 나이에 스페인 한림원의 정회원이 되기도 한 그는, 뉴욕 세르반테스 문화원 원장을 역임했으며, 하엔 대학교에서 명예박사 학위를 받았다. 현재 작가이자 배우인 아내 엘비라 린도와 함께 뉴욕에 거주하며, 자신이 좋아하는 클래식과 재즈 음악을 들으며 글쓰기에 전념하고 있다.